时值明治。距离帝都遥远的山口县小村庄,发生一夜间遭全灭之事件。陆军特秘机关零武队著手调查此一事件,零武队队长之子日明天马与友人帝月、琉璃男同时来到赤间关（现在的下关市）。 在这儿,他们看到的是——「不可能存在於这个世上的东西」！