徘徊在正邪之间的悲剧战士，从事保卫自然生态工作的光明寺一郎离奇被杀，其父光明寺博士伤心欲绝。为延续儿子的精神，光明寺博士遂着手制造一个强劲的机械人战士，并赋予它一颗能辨别善恶的良心，而这个战士就是次郎—电脑奇侠。
在大学修读机械人工学的女大学生—光明寺满子。某日，她突然收到10年前失踪的父亲光明寺博士寄来的神秘电邮……而满子还遇到一个谜一样的少女，原来是她同父异母的妹妹日奈。沿著爸爸所发的电邮的内容，满子来到一间以废屋作掩饰的研究所。但在研究所等著满子的却是一些穷凶极恶模样的机械人和被封印在地下室的改造人「次郎」……