在东京地底深处; 竟隐藏着不可告人的秘密城市…… 留美奈一直嚮往升上高中后能过着和平的「蔷薇色生活」，但在入学的第一天就得罪了前辈，放学后在家里更遇上两个被人追杀的女孩。 原来在东京地底有一个被遗忘了、被封印着的「东京地底城」，其中被称为「生命巫女」的琉璃因拥有令人起死回生的能力而被神秘组织追捕。 其后留美奈因保护她而战死，琉璃用法力令他重生，留美奈更因而得到了「风」的能力，一种连地底的人也未能掌握的能力……